L’edificio originale probabilmente è anteriore al 1566, come dimostra una relazione della visita pastorale di monsignor Cermenati, che la definisce già molto antica ma decadente e povera.
L’edificio, opera dell’architetto Vittorino Gandolfi con la posa della prima pietra da parte del Beato Cardinal Montini nel 1959, presenta una struttura a capanna.
Le prime notizie della chiesa risalgono a fine ‘300, ma la struttura attuale è del ‘500, poi fortemente rimaneggiata.
La chiesa di Santo Stefano ha origini antiche: fu visitata infatti nel 1566 da Bernardino Cermenati, delegato di Carlo Borromeo, che descrisse la chiesa come ampia e avente un campanile a due campane, ma non era consacrata.