L’edificio odierno risale al 1607, ma quello antecedente era datato al Duecento ed era intitolato a San Martino come testimonia una delle due cappelle interne.
L’edificio originale probabilmente è anteriore al 1566, come dimostra una relazione della visita pastorale di monsignor Cermenati, che la definisce già molto antica ma decadente e povera.
L’edificio, opera dell’architetto Vittorino Gandolfi con la posa della prima pietra da parte del Beato Cardinal Montini nel 1959, presenta una struttura a capanna.
Le prime notizie della chiesa risalgono a fine ‘300, ma la struttura attuale è del ‘500, poi fortemente rimaneggiata.
La chiesa di Santo Stefano ha origini antiche: fu visitata infatti nel 1566 da Bernardino Cermenati, delegato di Carlo Borromeo, che descrisse la chiesa come ampia e avente un campanile a due campane, ma non era consacrata.
La Moschea sunnita è stata inaugurata, nel nome di Allàh il Misericordioso il Clementissimo, il 28 maggio 1988 (12 Shawwàl 1408 dell’Egira) dall’imam Ali Abu Shwaima e dal decano del centro islamico Rosario Pasquini.
Segrate fu per molti secoli Capo di Pieve: la pieve, dal latino plebs ovvero popolo, era un territorio autosufficiente dal punto di vista pastorale ma soggetto all’autorità del vescovo e aveva un fondamentale ruolo di collegamento per le numerose comunità agricole e gli scambi commerciali.